厭氧生物處理：厭氧生物處理指的是在沒有分子氧的環境中，利用厭氧菌以及兼性菌的代謝功能，對化工制藥廢水中的有機污染物進行有效降解，使其分解成為二氧化碳、甲烷、水等。這種處理方式的優點是低成本、低能耗、污泥產量小等，缺點是處理過后的水質相對較差，一般都是需要進一步處理才可以達到排放標準。在我國國內，處理化學制藥廢水的厭氧工藝主要有三種，分別是：上流式厭氧污泥床、厭氧復合床以及厭氧折流板反應器。其中對于上流式厭氧污泥床的研究相對較多，并且應用也是為廣泛的。其優點是不易堵塞，同時還可以將氣、固、液進行一體化分離、污泥顆粒化處理。但是這項工藝還不是十分成熟，仍存在一些亟待解決的問題。

　　固定化技術：固定化技術的使用就是將水體中的微生物固定在特定區域內，并且保持微生物原有的生物功能，從而達到反復利用的目的。目前固定化技術已經被應用到了許多種類的化工制藥廢水處理過程中，比如撲爾敏、四環素、布洛芬等制藥廢水。此外，固定化技術還可以在SBR法中應用，從而處理氨氮含量相對較高的化工制藥廢水。